根據配制原料分類

天然培養基

利用動物、植物或微生物體（包括其提取物）制成

難以確切知道其化學成分，但一般營養豐富，微生物生長旺盛，而且來源廣泛，配制方便，所以較為常用，尤其適合于配制實驗室常用的培養基和大生產上的培養基。穩定性常受生產廠或批號等因素的影響。

合成培養基

根據天然培養基的成分，用化學物質模擬合成、人工設計而配制

用已知化學成分的化學藥品配制而成，化學成分精確、重復性強，但價格昂貴，而微生物又生長緩慢，適用于做一些科學研究，例如營養、代謝的研究。

半合成培養基

主要以化學試劑配制，同時還加有某種或某些天然成分

在合成培養基中，加入某種或幾種天然成分；或者在天然培養基中，加入一種或幾種已知成分的化學藥品即成半合成培養基。

根據物理形態分類

固體培養基

在培養基中加入凝固劑，有瓊脂、明膠、硅膠等。

常用于微生物分離、鑒定、計數和菌種保存等方面。

半固體培養基

在液體培養基中加入少量凝固劑而呈半固體狀態。

可用于觀察細菌的運動、鑒定菌種和測定噬菌體的效價等方面。

液體培養基

不加任何凝固劑。成分均勻，微生物能充分接觸和利用培養基中的養料。

適于作生理等研究，由于發酵率高，操作方便，也常用于發酵工業。

根據營養成分分類

基本培養基（最低限度培養基）

只能保證某些微生物的野生型菌株正常生長，是含有營養要求最低成分的合成培養基。

往往缺少某些生長因子，所以經過誘變過的營養缺陷型菌株不能生長。

完全培養基（血清細胞培養基）

基本培養基中加入血清、富含氯基酸、維生素和堿基之類的天然物質（如酵母浸出物、蛋白胨等），即加入生長因子而成完全培養基。

可用來滿足微生物的各種營養缺陷型菌株的生長需要。

補充培養基

往基本培養基中有針對性加進某一種或某幾種該菌株不能合成的營養因子而組成。

滿足相應的營養缺陷型菌株生長的需要。